百合花呈长椭圆形，长2～5cm，宽1～2cm，中部厚1.3～4mm。表面类白色、淡棕黄色或微带紫色，有数条纵直平行的白色维管束。顶端稍尖，基部较宽，边缘薄，微波状，略向内弯曲。质硬而脆，断面较平坦，角质样。无臭，味微苦。
百合花鳞片的外性是种的分类依据之一。多数百合的鳞片为披针形，无节，鳞片多为复瓦状排列于鳞茎盘上，组成鳞茎。茎表面通常绿色，或有棕色斑纹，或几乎全棕红色。茎通常圆柱形，无毛。叶呈螺旋状散生排列，少轮生。叶形有披针形、矩圆状披针形和倒披针形、椭圆形或条形。叶无柄或具短柄。叶全缘或有小乳头状突起。花大、单生、簇生或呈总状花序。花朵直立、下垂或平伸，花色常鲜艳。花被片6枚，分2轮，离生，常有靠合而成钟形、喇叭形。百合花色有白、黄、粉、红等多种颜色。雄蕊6枚，花丝细长，花药椭圆较大。